南靖县博物馆坐落于漳州市南靖县山城镇长兴路文化中心圆楼，建筑面积2680平方米。南靖县文化中心总投资3500万元，占地面积50亩，建筑面积9500平方米，内设博物馆、文化馆等功能区。文化中心有圆楼和方楼，建筑外观模仿土楼风格，暗合古人天圆地方的思想。其中方楼是文化馆区域，圆楼为博物馆区域。文化中心整体外形像一艘承载着希望和梦想扬帆远航的巨轮，正乘风破浪驶向更加辉煌灿烂的美好明天，象征着南靖大地蒸蒸日上、蓬勃发展的美好前景。馆舍包含《南靖历史与土楼文化展》、《东溪窑博物馆》两个基本陈列。 《南靖历史与土楼文化展》 2011年6月，《南靖历史与土楼文化展》陈列馆正式对外免费开放，展厅面积468平方米。
该展主要由南靖历史、红色记忆、土楼文化三个部分组成。展示了南靖自3000多年前商周时期至明清时期的社会发展历史概貌、1926年至1949年这段时期南靖的波澜壮阔的革命斗争史及土楼造型、营造技艺、民俗风情等土楼文化。《东溪窑博物馆》 东溪窑博物馆的建设工程投资额约600万元，建筑面积1400㎡，展厅分为“重大发现在深山”、“窑烟袅袅八百年”、“文明互动走天下”及“薪火守望再辉煌”四个部分，共展出青花、米黄釉、青釉、青白釉、蓝釉、五彩等各色釉瓷器及陶器近400件/套，其中馆藏精品约100件/套。同时，展示图版50幅、照片200余幅，遗址分布状况、保护规划沙盘2处，并复原制窑、土层剖面、月港等场景，通过图文并茂的史迹介绍和丰富多彩的实物展示，生动、直观地再现了南宋至明清时期的东溪窑的窑业历史，以及其在古代海上丝绸之路上的历史遗证和重要价值。
该馆于2010年6月迁入南靖文化中心圆楼第二层，结束了南靖县博物馆无馆舍的历史。新馆舍建筑面积1350平方米，设有《南靖历史与土楼文化》陈列展厅、文物修复室、文物保护办公室、文物库房等功能厅室。
《南靖历史与土楼文化》陈列展厅由南靖历史、南靖革命斗争史、南靖土楼文化三大主题组成，总面积380平方米，展出商周时代浮山文化遗址、狗头山文化遗址、鸟仑尾文化遗址出土的200多件国家二级、三级文物，1926-1949年南靖革命斗争的珍贵文物和图片，以及反映南靖土楼建筑技艺、民俗工艺品的相关文物，全面展示了南靖县悠久的历史和辉煌的土楼建筑技术。