1988年7月开馆，1995年3月建成三层楼新馆，是一座综合性博物馆，占地面积2453平方米，建筑面积1849平方米，馆名由原宣传部部长陆定一、著名书法家尹瘦石题写。馆内拥有一楼与二楼两个展厅，一楼展厅常设基本陈列“史前闽台文化关系陈列”，二楼作为机动展厅，配合党的宣传中心任务，经常改变陈列内容。基本陈列“史前闽台文化关系陈列”，以发现于东山海域的哺乳动物化石为实物见证，充分证明史前时期“东山陆桥”的存在。“东山陆桥”作为大陆联系台湾的纽带和古人类动物东迁台湾的主要通道，在史前闽台文化交往的活动中，发挥着极其重要的作用。该展厅还通过闽台两岸史前同期文化的比较，富有说服力地证明台湾史前文化的根就在大陆，证实了台湾自古就是祖国不可分割的领土的事实。

东山博物馆成为我省东南沿海对台对外宣传的重要窗口，并被省委授予“全省优秀爱国主义教育基地”。

东山县博物馆坐落于东山风动石景区内，该馆于1992年建，1995年落成，拥有一楼与二楼两个展厅，一楼展厅常设基本陈列，二楼为临时展厅。下辖黄道周纪念馆、黄道周故居、东山戍守台湾将士墓群、东山抗战烈士陵园，与县文物保护管理所合署办公。占地面积6853平方米，建筑面积2349平方米，展厅面积1000平方米，库房面积200平方米。 黄道周纪念馆坐落于东山风动石景区内，原址为明代东山崇文书院旧址。该馆于1985年建，1987年落成，拥有一个展厅，分左右侧使用，院中种满花卉、果树，为花园式建筑。门楼大门匾额由原全国人大副委员长彭冲题写,拜台上塑黄道周像。塑像后“节义千秋”匾额为刘海栗题写。 黄道周故居坐落于东山风动石景区内，常设基本陈列，陈列按故居建筑布局进行，房间陈列主要以图文及部分场景部分再现的形式，陈列黄道周从出生至25岁的成长历程及其事迹。 东山博物馆馆藏文物共755件，其中，二级文物2件，三级文物266件，藏品基本保持完整。藏品主要以古人类动物化石和新旧石器时代的石器为主，还有铜器、陶瓷器、玉器、木雕、书画、民俗文物等。这些藏品反映了东山丰富和珍贵的文化遗产。