北京市深入挖掘以大运河为核心的历史文化资源，先后在白浮泉、万寿寺、玉河通惠河、西板桥、清固伦和敬公主园寝、路县故城、大运河故道、小圣庙、善人桥9处文化遗产取得重要考古成果，为进一步丰富大运河文化带与北京老城的内在联系与文化内涵，将从大运河与北京城市发展的关系角度，诠释和弘扬大运河文化，修建北京大运河博物馆。

北京大运河博物馆总建筑面积约9.97万平方米，由共享大厅、展陈大楼（主楼）和休闲水街共同组成。博物馆建设设计理念源于古运河图景中的船、帆、水三个元素，以运河为线索，将历史文化融入建筑之中。共享大厅屋顶造型取自“船”，展陈大楼（主楼）屋顶造型取自“帆”。两座建筑之间的休闲水街，与展陈大楼（主楼）立面的街巷路口、篷架、门楼等元素相结合，形成一处类似于运河驳岸码头的场景。

北京大运河博物馆在空间和建筑形态上，共享大厅北侧与草坡自然衔接，展陈大楼（主楼）南侧向城市绿心森林公园自然过渡，室内室外自然和谐；为保障文物安全，展陈大楼（主楼）地下一层下方设置1.8万平方米的隔震层，是中国已建成的隔震博物馆中隔震区域投影面积最大的；共享大厅、展陈大楼（主楼）和休闲水街相对独立又彼此联系，比单体式博物馆建筑空间更开放、更自由，能够实现更灵活的博物馆开放模式，满足当代博物馆多元化服务的需求。

北京大运河博物馆为智慧型综合性博物馆，集收藏保管、开放式展陈、科学研究、社会教育、文保修复等功能于一体，将成为立足城市副中心、辐射京津冀的爱国主义教育基地、提升文化软实力的重要阵地和展示城市发展的生动窗口，为参观者带来文化熏陶与情感共鸣，进一步满足市民的文化学习需求。

北京大运河博物馆围绕大运河与北京相辅相成的密切关系，以人、水、城为内容主线，从人文地理视角、生态文明高度展示北京城市发展历史、建设成就，推出一系列展览。以北京城市总体规划为指导，配合北京城市战略定位，与首都博物馆从历史文化的角度共同诠释“都”与“城”的关系。展陈体系由基本陈列、专题展览、临时展览、开放展示四大类型构成。