菏泽市抗日纪念馆为国有行业性纪念馆，馆藏文物丰富，品类众多，藏品的来源包括出土挖掘、民间征集、社会捐赠等。共收藏了抗日及解放时期文物1642件，形成了相对完整的藏品体系，反映了菏泽红色历史文化特色。 整个展馆为三层复式结构，以“信仰的长征”主线，整个展览分为七个部分，分别为信仰之火、信仰之血、信仰之战、信仰之路、信仰之魂、后记信仰的长征和菏泽图片展。 菏泽市纪念馆现有员工18人，在编职工7人，招聘合同制人员11人。其中大学本科学历9人。管理人员3人。专业技术人员2人，岗位占员工总数的11%，副高级职称1人、中级职称1人。 纪念馆设馆长1人，副馆长2人，内设机构 3个： 办公室：3人，主要负责行政管理、后勤服务、党务人事、工资福利、文秘等项工作。 业务宣传科：7人主要负责展览陈列布展、对外联络、文物收藏、群众工作等项工作。 保卫科：4人主要负责馆藏文物安全及全馆的安全保卫工作。 菏泽市抗日纪念馆对馆内安保工作非常重视，设有闭路摄像监控系统、门禁系统、巡更系统、触发报警装置和重要部位的震动报警装置。在中控室全天候24小时监控，建立了可靠有效的安保机制。