2005年，南通博物苑迎来百年华诞，博物苑再次得到各级政府的高度重视。由两院院士吴良镛教授主持的南通博物苑规划设计＋单体方案，得到国家文物局的批准，经过全面的规划和建设，博物苑总面积扩展为7万多平方米，新建现代化新展馆，建筑面积6,330 平方米，同时，由国家文化部、国家文物局和江苏省人民政府联合举办的“南通博物苑一百年暨中国博物馆事业发展百年庆典”纪念活动在南通隆重举办，百名中外博物馆馆长参加的《博物馆与城市发展》高层论坛同时召开，百年盛典为博物苑的发展带来新的生机。

      2007年，南通博物苑荣膺国家4A级旅游景区称号，2008年荣获国家首批一级博物馆行列，2010年被评为全国文明单位，2011年、2015年连续为全国科普教育基地。2013年，以南通博物苑为龙头的环濠河博物馆群作为全国惟一的博物馆项目成功创建国家首批公共文化服务示范项目。创办人张謇咏叹的“濠南苑囿郁璘彬，风物骈骈与岁新”，正得到真实的体现。

      2015年，南通博物苑110年暨中国博物馆事业110年学术研讨会在中国博物馆事业的发祥地、全国历史文化名城——江苏南通隆重举行。 国内文博界专家学者聚首南通，共同回顾南通博物苑和中国博物馆事业走过的光辉历程，研讨中国博物馆事业新时期发展的方向和路径，进一步传承弘扬中华优秀传统文化，推动我国文博事业在新的起点上不断迈上新台阶。会议期间，故宫博物院与南通博物苑共同签署了《故宫博物院与南通博物苑战略合作协议》，双方将在文物保护、陈列展览、学术研究等方面开展合作。


     二、收藏与展示

      南通博物苑现有藏品约5万余件，分历史文物、民俗品物和自然标本，其中以反映地方历史的文物最具特色。苑史文物是博物苑的特色收藏之一，张謇建苑时的部分藏品、文献史料，亦是中国博物馆史的珍贵史料。1973年出土的晚唐——五代时期南方越窑烧制的青瓷皮囊壶，为珍贵的秘色瓷，被视为镇馆之宝。1976年前后，位于南通地区北边的海安青墩发现了一处新石器时代遗址，将南通的历史前推至五千多年。著名刺绣艺术家沈寿开创的“仿真绣”刺绣作品、反映南通地区近现代历史的革命文物史料也是博物苑的特色藏品。近年来，博物苑大力开展征集反映南通地方风土民情的民俗品物、百工器物。

      自然类的藏品总计6000余件，以南通自然资源的标本为主，也收藏国家珍贵的岩矿石、动植物化石等自然标本。1979年，在南通海安临近的弶港滩涂搁浅一条长约10多米的大须鲸，博物苑将其取回并制作成骨骼标本。1982年7月2日下午五时五十五分，在东经121030’北纬30005’的南通吕四地区，坠落一块陨石，博物苑收藏了该陨石的一部分。1983年，南通县李港长江口发现了一条已死亡的长约2.5米的国家一级保护动物中华鲟，也成为本苑一件珍贵藏品。日常工作中，博物苑自行采集和制作了大量的昆虫标本和植物标本。

     博物苑的收藏有一部分来自社会各界的捐赠。张謇先生开个人收藏为国家收藏之先河，多次将个人的收藏捐献南通博物苑，张謇孙辈秉承先人遗志，在博物苑建苑90周年之际，向博物苑捐赠书画127件。1983年，中国“向阳红十号”南极科学考察船队赠送了来自南极的一只企鹅和地衣标本，成为我苑的珍贵自然藏品。百年来，向博物苑捐赠藏品的人数累计近千人。

      南通博物苑利用馆藏文物举办丰富的陈列，长年向观众开放的基本陈列综合地反映了地方历史文化和自然资源概貌。新展馆三个基本陈列：《江海古韵——南通古代文明展》、《南通博物苑精品文物展》、《江海鲸类生物资源专题陈列》长年免费开放，反映了南通的自然、历史概貌。张謇时期的老建筑南馆展出的《博物情怀——南通博物苑苑史暨早期藏品展》，中馆展出的《致敬苑丁——孙钺生平事迹展》反映了博物苑早期的基本情况。张謇故居濠南别业展出的《中国早期现代化的先驱——张謇》反映了张謇在南通经营的各项事业。此外，博物苑长年不定期地推出各种临时展览，除自办展览外，合作办展、引进和交流展也日益增多。与国外也进行展览交流，如1996年，《南通博物苑藏明清书画展》赴日本东京展出，2000年《美国泽西市美术摄影作品展》和2010年《普契尼与卢卡》来博物苑展出。多样主题的陈列展示丰富了博物苑的内涵，也充分彰显了古老博物馆新的风采。

博物苑园林绿化面积现占总平面积的56%，拥有名木古树38棵，园林也是重要的展示内容。如银杏、紫藤、广玉兰、厚壳树、灌木罗汉松、乔木罗汉松、榔榆，三角枫，朴树等，被定为二级保护的树木有17棵，大多古树均一一挂牌说明，园林绿化植物的品种也逐年增加，常年花果延绵，引人驻目。


三、研究与服务

     南通博物苑坚持学术立苑的理念，注重开展学术研究。2002年，创办《博物苑》苑刊，立足发表博物馆学研究、南通地方史及自然资源研究等学术成果。2007年起试行定期推出一批课题招标，带动全苑业务人员的研究与学习，促进重大业务问题的解决。2008年，南通博物苑被命名为“仿真绣研究传承保护基地”，加强了我苑对藏品保护的研究工作。 2009年举办的“中日美实业家与早期现代化”的学术研讨会暨展览，促进了我苑学术研究与国际交流。2012年，由我苑业务骨干参与工作的国家清史工程文献整理项目《张謇全集》由上海辞书出版社出版，荣获2013年全国优秀古籍图书一等奖。
 
     2014年，南通北城大桥发现一座清代墓葬，我苑与江苏省考古研究所联合组成考古队对墓葬进行了清理。此外，还不定期编辑出版各类业务书籍，举办不同主题的学术讲座。

     自2005年百年苑庆以来，随着园林环境、展陈设施、办公条件、服务手段的改进，观众纷至沓来，年接待观众达60万人次，圆满完成了多次党和国家领导人以及国际友人的接待工作。在立足苑区宣传的同时，还将展览、讲座带进学校、社区、医院、工厂、军营等处，广泛开展多种形式的社会教育活动。

     目前，南通博物苑已打造多个活动名品牌，如面向未成年人举办的“小小讲解员”培训、“小小讲解科普员”及科普夏令营等活动深受广大学生的喜爱。“知南通爱家乡”和“爱鸟护鸟”科普巡讲已延续多年。学雷锋志愿服务基地，现有志愿者百余名，开展的志愿服务项目累计服务时间近千小时。多种形式的公益服务：志愿讲解、公益导览，逢节假日还有小小讲解员义务讲解实践，更好地方便了市民参观博物苑。2014年，继官方网站、微博开通后，博物苑开通掌上博物馆，数字信息化服务也日益完善。今天的南通博物苑是人们了解南通、亲近科学、接受文化熏陶以及旅游休闲的理想场所。

        2020年11月12日，习近平总书记视察南通博物苑并作出重要指示，要把南通博物苑和张謇故居作为爱国主义教育基地，让广大民营企业家和青少年受到教育，增强社会责任感，坚定“四个自信”。
     
        南通博物苑积极践行总书记嘱托，弘扬爱国主义精神，创新开展文博活动。苑内举办有《江海古韵——南通古代文明陈列》《巨鲸天韵——江海鲸类生物资源专题陈列》《中国早期现代化的先驱——张謇》专题展及其故居复原陈列等基本陈列展览和高质量文化艺术专题临时展览，常态化开展巡展巡讲等线上线下社会教育活动和“一博讲坛”学术报告会，以满足人们多样化的文化需求。

       如今的南通博物苑新老建筑组合和谐，浓郁的文化氛围和优美的园林环境既展现历史的典雅，亦洋溢着新时代的光彩，这里已成为公众接受爱国主义教育的重要阵地和人们了解南通、亲近科学、接受文化熏陶及旅游休闲的理想场所。