南京市博物馆为南京市博物总馆分支机构，是一座综合性历史艺术类博物馆，是江苏省、南京市爱国主义教育基地。馆址朝天宫，为国家AAAA级景区，位于南京水西门内，为江南地区现存规模最大、保存最为完整的明清官式古建筑群落，是全国重点文物保护单位之一。博物馆与古建筑朝天宫珠联璧合，又深滋于十朝都会悠久的历史文化底蕴，加之四大古都得天独厚的自然地理优势，是人们解读南京城市历史发展进程，领略南京古都文化精髓，欣赏南京历史文明宝藏的最佳去处。全馆占地约5万平，按照消防验收报告可分为古建区和展览区。2010年通过消防验收，2018年通过一级安防验收。全馆火灾自动报警系统全覆盖，古建大殿采用红外报警装置。

南京市博物馆馆藏文物十万余件，上溯远古，下迄民国，藏品内涵丰富，具有很高的历史、艺术和科学价值。其中尤以南京人头骨化石、青瓷釉下彩神鸟瑞兽盘口壶、王谢家族墓志、青花萧何追韩信梅瓶、镶金托云龙纹玉带、渔翁戏荷琥珀杯、七宝阿育王塔等一批文物蜚声中外，是各个历史时期的文物精粹的典型代表。常设展览包括龙蟠虎踞-南京城市史、玉堂佳器-馆藏精品展、云裳簪影-宋明服饰展、胜迹千年—朝天宫历史沿革等。