孔子博物院是以孔庙、孔林、孔府为主体的国家二级博物馆,列入世界遗产名录,是第一批全国重点文物保护单位和5A级景区,规模宏大的建筑群和珍贵的文物承载着悠久历史、丰厚文化,蕴藏着中国古代的文化传统和价值观念。
1990年3月,曲阜市成立孔子故里博物馆。1994年3月9日,曲阜市孔子故里博物馆更名为曲阜市孔子博物院,与曲阜市文物管理委员会一个机构两块牌子。
现在,孔子博物院与曲阜市文物保护中心“一门两牌”。2013年5月,经国家文物局评定,孔子博物院为国家三级博物馆。2024年8月,经国家文物局评定,孔子博物院为国家二级博物馆。
截至2023年5月,全国博物馆总数达6565家,国家一、二、三级博物馆数量达1209家,占全国博物馆总数的18%,以“博物院”命名的有48家,如故宫博物院、秦始皇帝陵博物院、盘龙城遗址博物院、齐文化博物院、沈阳故宫博物院、汉景帝陵博物院、宁波市天一阁博物院等,以上和孔子博物院一样,皆是以文物古迹本体或遗址本体为主体的博物院,为全国重点文物保护单位,规模体量大、馆藏丰富、接待游客人数多,行业声誉和公众关注度高,具有较强的社会影响力。
由于场地限制,孔子博物院收藏的70多万件可移动文物一直在文物库房,不能满足展陈需求。2019年9月,新建的孔子博物馆正式开馆。2020年7月,曲阜市人民政府与孔子博物馆签订协议,孔子博物院文物库房内的可移动文物迁移至孔子博物馆收藏保管,石碑、石刻以及三孔等文物景区内的展陈文物继续由孔子博物院负责研究和保护工作。从此,“博物馆”和“博物院”两个机构相互合作,曲阜文物研究、保护和以儒家为主题的优秀传统文化“两创”工作正式开启新篇章。