药王山文物管理所、药王山博物馆、孙思邈纪念馆为一个机构三块牌子，隶属于铜川市文化和旅游局所属的县级事业单位药王山管理处，机构编制26人。

药王山博物馆为古建筑（石刻）博物馆，1956年以“药王山石刻”被列为陕西省第一批重点文物保护单位；1961年被国务院公布为全国第一批重点文物保护单位；1990年被列入陕西省重点风景名胜区；1994年被确定为省级爱国主义教育基地；2006年国务院公布药王山庙归入全国第一批重点文物保护单位“药王山石刻”；2008年“药王山庙会”被国务院列入全国第二批非物质文化遗产保护名录；2011年被评为国家4A级旅游景区；2014年被确定为“全国中医药文化宣传教育基地”；2019年药王山被确定为“省级中医药健康旅游示范基地建设单位”；2020年被核定为国家二级博物馆、确定为“中华优秀传统文化传承基地”；2021年被确定为“陕西省对台交流基地”；2023年被确认为“中国华侨国际文化交流基地”。2024年3月被评为“铜川市关心下一代传统文化教育基地”；2024年7月被共青团陕西省委、省发改委、省文旅厅、省文物局联合授予“陕西省青年信用体系建设示范单位”。

药王山博物馆现有藏品383件，其中一级文物27件（套），二级文物53件（套），三级文物104件（套）。基本陈列是以金、元、明、清为主的古建筑群，共有北洞、碑林、摩崖造像、南庵四大景点。孙思邈纪念馆于2016年10月9日开馆，展厅面积7700平方米，现有展品330件，主要展示药王孙思邈的生平事迹及中医药文化发展历程等。