中国医史博物馆的历史沿革始于1951年，随着中国中医研究院的成立，医史研究室并入并逐渐发展成为中国医史文献研究所。中国医史博物馆在普及大众知识、总结医疗经验、哺育科技人才中扮演着重要角色。馆内拥有800余平方米的陈展面积，除了展出医学图书、御制稿本、书画拓片、陶瓷玉器等藏品3000多件外，还系统、全面展现了中国医药学起源、形成、发展的历程与辉煌的成就。
中国有医史研究专门机构从1951年始创，即设于中央卫生研究院的中国医药研究所医史研究室。1955年中国中医研究院成立，该研究室并入而成为中国中医研究院医史研究室。研究室在中国医史学家李涛、陈邦贤教授的主持下，在编写高等医学院校医史教材、举办医史 师资训练班，培养医史专门人才，进行名医遗迹调查和开展医史科研、交流学术经验等方面做了许多创业性的工作，为中国医学史之发展奠定了一定的基础。
1982年，鉴于该研究室所做的成绩及医史研究发展的需要，该室升格建为中国医史文献研究所。由李径纬先生任所长。组建了四个研究室，即通史研究室，少数民族医史与东西方比较史研究室、基础文献研究室与临床文献研究室。同时成立了中国医史博物馆等。中华医学会医史学会与《中华医史杂志》也挂靠该所，在卫生部等有关部门的重视下，先后举办了两届全国医史科研教学骨干进修班。
从1978年开始至今，全国所有高等中医药院校及30多所西医高等院校建立了医史教研室(组)。同时，有八个省市中医药研究院建立了医史(文献)研究所(室)。北京医科大学在充实了我国最早的医史教研室同时，还创建了第一所医史研究中心。全国相继有20多位医学史正、副研究员及正、副教授，培养医学史硕士、博士研究生近百名。近年来还接受国外博士研究生进修和招收培养国外博士研究生，使医史科研 力量和专业队伍素质得到提高。我国的医史专业人员和兼职医史科研人员从五十年代的50余位，增加到九十年代约500位，形成了具有相当力量的医史专业队伍。
除专门的医史研究所(室)外，北京医科大学、上海医科大学、北京中医药大学、上海中医药大学等的医史教研室，在完成医史教学的同时，在世界医学史、东西方比较医史，中国医学史，医史理论研究以及人才培养等等方面，都作出了重要贡献。